禁止農(nóng)村集體組織內(nèi)部成員之間的房屋買賣和租賃，形成了宅基地使用權(quán)隨房流轉(zhuǎn)的事實(shí)，這就與現(xiàn)行政策對宅基地使用權(quán)流轉(zhuǎn)的限制規(guī)定產(chǎn)生了沖突。二是不同法律之間的矛盾�！锻恋毓芾矸ā返痊F(xiàn)行法律規(guī)定農(nóng)村集體經(jīng)濟(jì)組織成員每戶只享有一處宅基地使用權(quán)，但現(xiàn)實(shí)中因繼承、購買、申請等原因造成一戶村民擁有多處宅基地的現(xiàn)象廣泛存在，這就導(dǎo)致了繼承人合法的繼承權(quán)卻違反了土地管理法律的矛盾現(xiàn)象。三是同一法律的不同法條之間的矛盾。《物權(quán)法》第一百五十二條只規(guī)定了使用權(quán)人享有占有和使用的自由，并未規(guī)定其轉(zhuǎn)讓的權(quán)利。但是，該法第一百五十三條又對使用權(quán)的流轉(zhuǎn)作出了規(guī)定:“宅基地使用權(quán)的……轉(zhuǎn)讓，適用土地管理法等法律和國家有關(guān)規(guī)定。”出現(xiàn)了前后矛盾的情況。由于缺乏宅基地使用權(quán)流轉(zhuǎn)的相關(guān)法律規(guī)范，尤其是宅基地使用權(quán)的沒有強(qiáng)制登記制度，實(shí)踐中轉(zhuǎn)讓方與受讓方的權(quán)利不明，糾紛不斷。四是不同部門的法規(guī)互相牽制,對宅基地處理意見標(biāo)準(zhǔn)不統(tǒng)一。如“一戶一宅”的實(shí)施，目前農(nóng)村一些因子女結(jié)婚后確需分戶而需要宅基地建房的，公安部門與國土部門，一個(gè)是需要取得宅基地才能單獨(dú)立戶，一個(gè)是需要取得戶籍才能審批宅基地，這樣的互為前置條件，導(dǎo)致難以落實(shí)。

3、農(nóng)村宅基地權(quán)能的不完全性，導(dǎo)致農(nóng)村宅基地管理的虛化和缺位。

長期來，農(nóng)民對宅基地的權(quán)能只有占有和使用權(quán)，而沒有收益和處分權(quán)。一方面由于農(nóng)村宅基地屬于福利性財(cái)產(chǎn)，在農(nóng)村集體用地建設(shè)范圍被剔除。二方面由于法律法規(guī)和有關(guān)文件禁止宅基地的流轉(zhuǎn)，規(guī)定農(nóng)民宅基地歸集體所有，農(nóng)民可無償使用，不得轉(zhuǎn)讓、出租、抵押。但實(shí)際上收效甚微。比如“小產(chǎn)權(quán)房”等宅基地使用權(quán)隱形流轉(zhuǎn)已存在許久且愈演愈烈，這與法律規(guī)定相悖的社會(huì)現(xiàn)象嚴(yán)重存在著，而相關(guān)職能部門無法監(jiān)控和制止，缺乏有效的監(jiān)管措施。導(dǎo)致國家對宅基地使用權(quán)流轉(zhuǎn)缺乏規(guī)范性的指導(dǎo)，引發(fā)了農(nóng)村住宅市場的無序和混亂。其次是由于農(nóng)村宅基地權(quán)能的不完全性，也導(dǎo)致農(nóng)村宅基地閑置浪費(fèi)現(xiàn)象嚴(yán)重，閑置的宅基地長期得不到有效利用，造成了資源的浪費(fèi)。再次是由于農(nóng)村宅基地權(quán)能的不完全性，也導(dǎo)致城鄉(xiāng)發(fā)展的不協(xié)調(diào)。城鎮(zhèn)住房可以入市進(jìn)行交易，而農(nóng)村住宅卻無法進(jìn)入市場自由流轉(zhuǎn)，這實(shí)質(zhì)上反映了農(nóng)村住宅和城鎮(zhèn)住宅地位的不等。也導(dǎo)致農(nóng)村住宅市場有效需求不足，農(nóng)村住宅價(jià)格偏低；另一方面，農(nóng)民不能合法買賣、租賃或抵押自己的房屋，無法將房屋價(jià)值置換為可以變現(xiàn)的資本，也在一定程度上影響了農(nóng)民增收、農(nóng)村建設(shè)